Izvorno su zamišljeni kao dio alkemije ili proto-znanosti (pre-science), koja je kasnije evoluirala u kemiju. Sve do 18. stoljeća spomenuti su se simboli koristili za označavanje određenih elemenata i spojeva. Simboli su neznatno varirali u oznakama alkemičara, pa su oni koje poznajemo do danas rezultat standardizacije tih oznaka.
Prema Paracelzusu, ovi znakovi su poznati kao prva tri:
sol - koja označava bazu tvari - označena u obliku kruga s jasno označenim horizontalnim promjerom,
živa, što znači tekuća veza između visokog i niskog, je krug s polukrugom na vrhu i križem na dnu,
sumpor – duh života – trokut spojen križem.
Slijede simboli za elemente zemlje, svi u obliku trokuta:
Metali označeni simbolima planeta i nebeskih tijela:
Alkemijski simboli također uključuju:
Ouroboros je zmija koja jede vlastiti rep; u alkemiji simbolizira metabolički proces koji se neprestano obnavlja; to je blizanac kamena filozofa.
Heptagram – označava sedam planeta poznatih alkemičarima u antičko doba; njihovi simboli su prikazani gore.